En el mes de Noviembre de 1994 el grupo joven que existía por entonces en la cofradía, empezó a pensar que para la navidad del año siguiente habría que hacer algo que atrajera a los cofrades, hablaron con el Hermano Mayor y le propusieron el tema de realizar un Belén, siendo su artífice Juan Carlos Vázquez Guerra, comenzando a observar las posibilidades del montaje, en el mes de noviembre se dieron los primeros pasos, agradeciendo a la Junta de Gobierno la gestión y al Cabildo Catedral el permiso para que pudiéramos montar el primer Belén, este fue realizado en el sótano de la Capilla de la Verdad, y el detalle de ese belén eran un par de nazarenitos que ataviados con nuestro hábito, van por el caminito a adorar al Niño Jesús.
Pasa el tiempo, y con el anhelo de la cofradía por tener un lugar donde reunirse y de ocio para los cofrades y a la vez sede social de la cofradía, la Junta de Gobierno inicia sus conversaciones con el Ateneo de Salamanca y este acepta el tener entre sus socios a una cofradía de Semana Santa, con lo cual el grupo joven comienza a buscar ideas para navidad y cuaresma, (la cofradía estuvo hasta el año 2004), en ese año 1996 la Cofradía pidió permiso y allí se realiza el Belén, cada año diferente, inspirándose en diferentes, monumentos, hasta poblaciones de la provincia de Salamanca, logrando que desde 1996 a 2003 dar vida a uno de los lugares más emblemáticos de la ciudad, allí la Cofradía realizaba sus actos sus reuniones, las jornadas infantiles etc.
En al año 1998, nos inscribimos en uno de los concursos de belenes que algunas instituciones programan para las fechas de la Natividad del Señor en la ciudad, cuál fue nuestra sorpresa que obtuvimos un accésit, una gran alegría para todos, que una institución ajena a la Semana Santa premiara nuestra imaginación y nuestra constancia, al año siguiente 1999, en un viaje realizado a Sevilla en la Hermandad adquirió un Misterio que daría mas prestancia al montaje de nuestro belén, nos volvimos a inscribir el año siguiente y obtuvimos el segundo premio, toda una sorpresa, así estuvimos hasta el año 2003, cuando ese año se le ocurre a la Junta de Gobierno volver a la Catedral, en la misma uno de nuestros cofrades, el Hermano Mayor de Paso: Javier Domínguez Hernández haciendo gala de su generosidad presta a la Cofradía sus figuras, exponiéndolas en un belén que se monta en la Capilla de la Verdad, a la vista de todos visitantes y cofrades que quisieron admirarlo, acudiendo a su inauguración algunos de los miembros del Cabildo Catedral entre ellos el Deán que en esas fechas era D. Gabriel Pérez, desde ese día el Nacimiento que se monta en la Capilla de la Verdad lo asume el Cabildo Catedral, siendo el Belén de la Catedral. En este montaje siempre veremos implicados a los diferentes vocales de material, Juan Carlos Vázquez Guerra, Francisco Hernández Cabezas, y desde 2008 Javier Pedraz García. En el año 2005, Javier Domínguez comunica a la Junta de Gobierno, que será el último año que preste sus figuras, viéndose la Cofradía en el dilema de si seguir realizándolo o desistir en la idea, el reto era demasiado como consecuencia del nivel, empaque y prestigio que había alcanzado.
Se toma la decisión de continuar con el Belén al considerarlo como una seña de identidad de esta nuestra Cofradía y se acuerda que sean todas las figuras de propiedad de la Cofradía y así se adquieren las primeras, todas ellas de terracota, de 21 cmt. de altura, como son las que fueron prestadas por Javier Domínguez. Posteriormente se han ido adquiriendo nuevas figuras que sirven para engrandecer más nuestro Belén. Desde el año 2006 Javier Pedraz García y José Caraset Sánchez, junto con Gaspar García Martín son los autores de nuestro Belén.
El Belén de la Real Cofradía de Cristo Yacente de la Misericordia y de la Agonía Redentora es un referente entre los que se realizan en nuestra ciudad, siendo ante todo el Belén de la S.I.B. Catedral de Salamanca.
